“Retrato de Ludwig Levenstein”, almacenado en el museo estatal de Berlín, es considerado uno de los mejores retratos creados por el artista. El racionalismo del Renacimiento, especialmente en los retratos de Baldung, se combina a menudo en su trabajo con el misticismo, plástico generalizado con ritmo roto. En las imágenes de Baldung, la influencia de la escuela naturalista del Alto Germán es notable, pero al elegir la trama y el diseño hay una rica imaginación creativa.
El más destacado de sus trabajos son las pinturas en el convento de Lichtental, pintadas por él en 1495-1496, y el altar mayor de la Catedral de Friburgo, completado en 1516; en la parte media de este altar se encuentra la “Boda de la Virgen María”; a los lados de la gran obra realizada “Vuelo a Egipto”, considerado su mejor trabajo. Durante mucho tiempo, Baldungu se atribuyó a la autoría del altar de Isenheim, que actualmente se encuentra en el Museo Unterlinden de Colmar. El verdadero autor del altar es Matthias Grunewald.