Los frescos de Masaccio y Mazolino en la Capilla Brancacci fueron restaurados más de una vez, los trabajos de restauración más grandes se llevaron a cabo aquí después del incendio de 1771, en 1902-04, y finalmente en 1982-88. La más exitosa fue la restauración más reciente, que permitió restaurar el color original de los frescos y revelar los detalles que antes no se notaban.
Una de las escenas centrales en el exilio del fresco del Paraíso de Masaccio sufrió los cambios más dramáticos. Las coronas de higo que se agregaron posteriormente en las caderas de Adán y Eva fueron removidas aquí.
Además, se descubrieron pequeños fragmentos de otro mural en la capilla, supuestamente llamada la Crucifixión de San Pedro. El fresco se manchó completamente durante la reconstrucción de la capilla alrededor de 1460.