Cualquiera que sea la gloria que Carracci trajo a sus pinturas “paganas” del Palazzo Farnese, pero la mayoría de las obras que escribió todavía estaban sobre temas religiosos tradicionales. Desde 1584 hasta 1595, creó varias imágenes grandes de altar, lo que demuestra un aumento gradual en la habilidad. Después de 1595, el artista pintó relativamente pocas pinturas religiosas.
Estando ocupado pintando la Galería Farnese, encontró tiempo solo para obras pequeñas. Una de las obras maestras de este período fue la pintura “Tres María en el Santo Sepulcro”. Posteriormente, este “incomparable”, según uno de los biógrafos del maestro, la imagen fue adquirida por el rey inglés Carlos I.
Además, varios trípticos están relacionados con el período romano, incluido un trabajo tan impresionante como “El descenso de la cruz”. Al final de su vida, Carracci comenzó nuevamente a crear composiciones para imágenes de altares grandes, pero las reasignó para que escribieran a sus alumnos.
Trois Marie au Sépulcre – Annibale Carracci 
Three Marys at the grave of the Lord by Annibale Carracci 
La resurrección de Cristo – Annibale Carracci 
Polifem en el amor – Annibale Carracci 
Polifem en el amor – Annibale Carracci 
Júpiter y Juno – Annibale Carracci 
Vuelo a Egipto – Annibale Carracci 
Estudio para el triunfo de Baco y Ariadna – Annibale Carracci