Dans la peinture de Baldung, ce dernier côté de son œuvre prend le dessus. Sa peinture principale est le grand autel à plusieurs ailes de la cathédrale de Fribourg, encore relativement calme, avec une partie centrale symétriquement construite, complètement dépourvue de spatialité et surchargée de figures.
La force de la peinture de Baldung est des couleurs scintillantes et brûlantes qui se fondent en accords de couleurs vives et saturées. La composition bizarre, caractéristique de la plupart de ses peintures, l’expression accrue des figures, a souligné l’expressivité des gestes dans les œuvres des vingt dernières années de sa vie, comme The Beating of St. Stephen, 1522, Strasbourg; Les deux sorcières, 1523, Francfort; L’allégorie de la vanité, 1529, se développe de manière non déguisée.