Probablemente, este trabajo de Caravaggio fue uno de los tres cuadros que llevó consigo, yendo de Malta a Roma con la esperanza de recibir un indulto del Papa Paul V. después del asesinato.
El artista se propuso donar estos lienzos a su sobrino, el cardenal Shipione Borghese, para que se declarara culpable ante el pontífice. El pintor nunca regresó a la Ciudad Eterna, ya que murió en el camino, pero el lienzo restante demuestra el estado mental en el que se encontraba en los últimos años de su vida.
San Juan Bautista, quien, desde el Renacimiento, a menudo ha sido retratado no como un hombre maduro, sino como un hombre joven, está perdido en sus pensamientos. Su apariencia está llena de tristeza, y ni la luz cálida que vierte la figura ni la cortina roja disipan este sentimiento.
Caravaggio comenzó con un estado de ánimo brillante y feliz, luego escribió obras llenas de pasiones y dramas, y finalmente llegó a un cuadro lleno de una sensación trágica de ser, que creó al final de su corta vida. La obra del artista reflejó el camino de su propia vida.