La pintura “San Juan Bautista” fue concebida por el artista a principios de los años 1500, como lo indica el bosquejo de un ángel con una mano levantada en la pose de Juan, clavada en una hoja que data de alrededor de 1504.Leonardo comenzó a trabajar en ella durante su segunda estancia en Milán y continuó trabajando en Roma.
Al parecer, según el propio maestro, el lienzo nunca se terminó, el trabajo continuó incluso en Amboise. Desde el espacio oscuro de la pintura, la figura del joven con una mano levantada y una cruz pegada a su cuerpo nos mira con una silueta clara. Rizos fluidos que parpadean suavemente en la oscuridad rodean esta hermosa cara con una sonrisa misteriosamente atractiva y una mirada fija delineada por oscuras sombras de ojos.
Los rasgos faciales leen claramente la similitud con Monna Lisa, lo que le da un carácter un tanto ambiguo. La figura viste formas florecientes, sensiblemente aleteantes, y solo la cruz, como si estuviera disuelta en el espacio de la imagen, nos dice que Juan el Bautista está ante nosotros.