Le “Portrait de Ludwig Levenstein”, conservé au Musée d’État de Berlin, est considéré comme l’un des meilleurs portraits créés par l’artiste. Le rationalisme de la Renaissance, qui était particulièrement prononcé dans les portraits de Baldung, est souvent associé dans son travail au mysticisme, plastique généralisé au rythme brisé. Dans les peintures de Baldung, l’influence de l’école naturaliste du Haut-Allemand est perceptible, mais une riche imagination créatrice apparaît dans le choix de l’intrigue et de la disposition.
Les plus remarquables de ses œuvres sont considérées comme des peintures situées dans le couvent Lichtental, peint par lui en 1495-1496, et le maître-autel de la cathédrale de Fribourg, achevé en 1516; sur la partie centrale de cet autel est représenté le “Mariage de la Vierge Marie”; sur les côtés, Flight to Egypt, qui est considéré comme son meilleur travail, est magnifiquement joué. Pendant longtemps, Baldung a été crédité de la paternité de l’autel d’Isengheim, qui est actuellement conservé au musée Colmar Unterlinden. Le véritable auteur de l’autel est Matthias Grunewald.