Bajo el rey Fernando de Aragón, la influencia de la Inquisición aumentó. En abril de 1484, en Tarasona de las Cortes del Reino de Aragón, en el consejo secreto, formado por personas a las que el rey convocaba, se le concedió el puesto de jefe de los inquisidores del reino de Castilla a Thomas Torquemade. Thomas Torquemada nombró al hermano Gaspar Huglar, un monje dominicano, y al Dr.
Pedro Arbues d’Epil, el canon de la iglesia metropolitana, como inquisidores de la diócesis de Zaragoza.
El decreto real ordenó a las autoridades provinciales que los asistieran. Los nuevos inquisidores, durante los meses de mayo y junio, llevaron a cabo varios automóviles públicos y ceremoniales y entregaron a la corte secular a los desafortunados acusados, quienes fueron quemados. Estas ejecuciones molestaron cada vez más a los nuevos cristianos del reino aragonés, quienes pronto esperaban ver la reanudación de las escenas que tuvieron lugar en Castilla, donde se estableció un tribunal hace apenas tres años, arruinado por miles de víctimas y monjes fanáticos.
Los aragoneses vieron que todos sus esfuerzos para evitar el establecimiento de la Inquisición entre ellos fueron en vano, y decidieron sacrificar uno o dos inquisidores para intimidar a otros. Estaban convencidos de que después de este evento no habría más dudas sobre el ánimo popular, que nadie se atrevería a convertirse en un inquisidor, y el propio rey renunciaría a su intención original por temor a los movimientos rebeldes que podrían estallar en Castilla y Aragón. “Cuando el complot fue aprobado por los conspiradores, comenzaron a buscar asesinos para deshacerse del Dr. Pedro Arbues d’Epyla, el principal inquisidor de Zaragoza.
Para protegerse de los golpes de los asesinos, el inquisidor llevaba una cota de malla debajo de su ropa y algo así como un casco de hierro, cubierto con una gorra redonda. En el momento del asesinato en la iglesia metropolitana, estaba arrodillado en una de las columnas de la iglesia, donde ahora hay un atril para el apóstol; Junto a él estaba su linterna, y un palo grueso estaba apoyado contra la columna. El 15 de septiembre de 1485, después de las once de la noche, mientras el canon en el altar de la iglesia leyó las oraciones de la mañana, Juan d’Esperaindeo, armado con una espada, se le acercó y le dio un fuerte golpe con una espada en la mano izquierda.
Vidal d’Uranzo, a quien Juan d’Abadia le advirtió que lo golpeara en el cuello, lo golpeó por detrás con un golpe que rompió la armadura de la cabeza e hizo una herida tan profunda en la cabeza que el inquisidor murió dos días después, es decir, el 17 de septiembre.
El cálculo político le inspiró, como Isabella, la idea de honrar la memoria de Arbues con algún tipo de solemnidad, lo que contribuyó enormemente a presentarle como un santo y rodearlo de un culto especial en las iglesias. Esto sucedió mucho más tarde, cuando el papa Alejandro VII, el 17 de agosto de 1664, contó a Arbues a los bienaventurados, como mártir de la fe. Y a su debido tiempo se le erigió una magnífica tumba, y su cuerpo fue depositado en ella el 8 de diciembre de 1487. “