Al igual que otras imágenes de estos años, creadas sobre un tema religioso, se creó “Estigmatización de San Francisco” para un cliente privado. Domenico firmó la pieza en la esquina inferior izquierda. Probablemente fue creado inmediatamente después de que el artista llegó a Roma.
El Greco lo escribió en técnica de pintura de iconos, después de haber trabajado cuidadosamente los detalles, y como resultado recibió una apariencia de esmalte.
La pintura representa el momento más sorprendente de la vida de San Francisco de Asís, descrito en la biografía oficial del santo, la llamada “Gran Leyenda” de San Buenaventura.
Un serafín con seis alas ardientes descendió del cielo, iluminando la cumbre de Verna con una luz brillante, iluminando las montañas y los valles a su alrededor. Después de que desapareció la visión, se abrieron estigmas en el cuerpo de Francis: las manos y las piernas se perforaron con las uñas, negras como de hierro, con grandes gorras redondas, en el lado izquierdo del pecho había una herida profunda y sangrante, como si la hubiera golpeado una lanza. Durante dos años antes de su muerte, llevaba estigmas en su cuerpo, ocultándolos de miradas indiscretas.
Estigmatización de San Francisco – Jan van Eyck 
San Juan Evangelista y San Francisco de Asís – El Greco 
San Francisco en éxtasis – El Greco 
Inauguración del quinto sello – El Greco 
San Francisco y el ángel – Guido Reni 
San José con un joven cristo – El Greco 
Milagro de San Francisco – Sebastiano Ricci 
Éxtasis de San Francisco – Michelangelo Merisi da Caravaggio