Comme la plupart des fresques de la galerie Farnèse, cette œuvre est écrite sur une intrigue tirée des Métamorphoses d’Ovide. À l’extrémité opposée de la galerie se trouve un tableau associé à “La colère de Polyphème”, qui dépeint l’arrière-plan de cette scène. Cyclope Polyphemus est tombé amoureux de la nymphe de la mer Galatea et a longtemps essayé de gagner son cœur en jouant de la flûte. Mais Galatea n’est jamais tombé amoureux du Polyphème borgne et lui a préféré le jeune berger Acis.
En les voyant ensemble, Polyphème est devenu furieux et, dans un accès de jalousie, a tué le jeune homme en lui jetant un énorme morceau de roche. Galatea a longtemps pleuré la mort d’Acis, puis a transformé son malheureux amant en une rivière. Apparemment, Annibale Carracci, dans son travail sur La colère de Polyphème, a suivi les instructions de Léonard de Vinci, qui a écrit que “quiconque veut représenter un lanceur de pierres devrait tourner ses jambes dans la direction de la cible choisie et son corps dans la direction opposée”.
Au-dessus de la “Colère de Polyphème” est un panneau où une autre scène d’Ovide est représentée – “L’enlèvement de Ganymède”.