Comme d’autres peintures de ces années réalisées sur un thème religieux, la Stigmatisation de Saint François a été créée pour un client privé. Domenico a signé l’oeuvre dans le coin inférieur gauche. Probablement, il a été créé immédiatement après que l’artiste est arrivé à Rome. El Greco l’a peint dans la technique de la peinture d’icônes, après avoir soigneusement travaillé les détails, obtenant ainsi un aspect émaillé.
La peinture dépeint le moment le plus frappant de la vie de saint François d’Assise, décrit dans la biographie officielle du saint, la soi-disant “Grande Légende” de Saint-Bonaventure.
Un séraphin aux six ailes ardentes descendait du ciel, illuminant le sommet de Verna d’une lumière étincelante, illuminait les montagnes et les vallées alentour. Après que la vision ait disparu, des stigmates sont apparus sur le corps de Francis – ses bras et ses jambes étaient percés de clous, noirs, comme du fer, avec de grands chapeaux ronds, sur le côté gauche de sa poitrine, il y avait une plaie qui saignait profondément, comme si elle provenait d’une lance. Deux ans avant sa mort, le saint portait des stigmates sur son corps, les cachant des regards indiscrets.